Environnement analytique

Pour mener à bien l'ensemble de ces thématiques de recherche, l'équipe possède sur le site de Cuvier, l'infrastructure suivante:

Laboratoire de géomicrobiologie expérimentale

L'équipe a mis en place un laboratoire de microbiologie permettant de mettre en oeuvre des techniques d'imagerie issues de la biologie moléculaire comme le FISH, de mener des cultures microbiennes et de réaliser des expériences de biominéralisation.

Un dispositif original de percolation réactive dans des carottes rocheuses, en conditions oxiques et anoxiques, a également été mis en place. Cette cellule, baptisée BCC (Biominaralization Control Cell) permet ainsi de simuler expérimentalement à l'échelle du laboratoire, l'environnement physico-chimique de la biosphère profonde.

Laboratoire d'écologie microbienne

L'équipe possède les équipements nécessaires pour mener des études de diversité microbienne sur des échantillons environnementaux et mettant notamment en oeuvre les techniques de Polymerase Chain Reaction (PCR), Denaturig Gel Gradient Electrophoresis (DGGE), et clonage. Des travaux pratiques sont organisés autour de ces techniques pour les Master de l'Université Paris Diderot.

Plateforme d'imagerie

L'équipe dispose d'un parc de microscopes (microscopie optique polariseur/analyseur, par épifluorescence et cathodoluminescence) permettant de mettre en oeuvre aussi bien des techniques de biologie moléculaire comme l'hybridation in situ fluorescente (FISH) que des caractérisations pétrologiques et minéralogiques dont l'étude des inclusions fluides (platines de microthermométrie, caméra à détection infrarouge adaptée aux minéraux opaques).

L'équipe s'est dotée d'un microscope confocal à balayage laser permettant une imagerie 3D en fluorescence (UV-visible) et en Raman. Ce couplage encore peu fréquent combine un microscope confocal Olympus FV1000 avec un spectromètre Renishaw InVia et permet d'identifier simultanément sur une même préparation les microorganismes en présence tout en caractérisant les phases minérales associées.

Lien pour le grand public :
Sciences et Avenir, Sept. 2007,
"Dans la roche, la vie"

L'équipe bénéficie également des équipements localisés sur le campus de Jussieu, à l'Institut de Minéralogie et de Physique des Milieux Condensés:

- Diffractomètre de Rayons X (DRX)

- Microscopes Electroniques en Transmission (MET)

- Boite à gants pour des expérimentations en conditions anoxiques (O₂≤1 ppm)

- Faisceau d’ions focalisés ou Focused Ion Beam (FIB) pour la préparation d’échantillons ultraminces

Les membres de l'équipe sont par ailleurs très investis dans l'utilisation du rayonnement synchrotron, en particulier sur les lignes de lumière de SOLEIL (Saint Aubin, France), l'ESRF (Grenoble, France), SSRL (Stanford, Californie).

Techniques concernées:

- Microfluorescence X (SR-XRF)
- Microtomographie
- Fluotomographie
- Spectroscopie d'absorption (XANES, EXAFS, STXM)
- Microdiffraction
- Microspectroscopie infrarouge (FTIR)

Ils participent également à la conception de nouvelles lignes de lumière sur SOLEIL (Saint Aubin, France).

Dans le cadre des collaborations établies par les différents membres de l'équipe, d'autres techniques et équipements de pointe sont également utilisés (nanoSIMS, tomographie électronique, MEB-FEG, ...)